继电保护正常运行中，当电源谐波分量较高时，可能会引起过电压保护，过电流保护的误动作。当三相严重不对称时，在正序性液压千斤顶谐波含量较高的情况下，可能对负序滤波器为启动元件的保护装置产生干扰，而引起误动。
 
      如某地电气化铁路通车后，曾发生过由于牵引变电所注入系统大量的谐波的负序电流，引起供电系统电能质量指标严重恶化，多次造成发电机的负序电流保护误动，主变压器的过电流保护装置误动，线路的距离保护振荡闭锁装置误动，高频保护收发讯机误动，母线差动保护误动的故障滤波器误动的事。
 
      近年来，微机保护装置的大规模使用，使信号中的谐波干扰既可能引起测量误差，又可能对装置关键处理模块的正常工作产生干扰，从而引起保护装置误动或拒动。
 
      如上海宝钢就发生过因电弧炉产生谐波的影响，造成谐波电流对数字型差动保护产生干扰，使差动保护动作跳闸的事故。